En Septiembre de 1610 fue instaurada la Inquisición en Cartagena de Indias. Su jurisdicción abarcaba el Nuevo Reino de Granada y Venezuela hasta Nicaragua, Panamá, Santo Domingo y las Islas de Barlovento. El Tribunal de Penas del Santo Oficio tuvo aquí su sede principal. Este edificio es considerado una de las casas típicas de la arquitectura civil de la Cartagena de Indias del siglo XVIII. Se distribuyen en su interior lo que en su momento fueron cárceles y cámaras de tortura. La Inquisición tuvo como objetivo juzgar los delitos contra la fe cristiana, y nunca reconoció inocentes.

La Historia: 

El Santo Oficio permaneció en Cartagena de Indias hasta 1811 cuando estalló el movimiento independentista y los inquisidores fueron expulsados. Luego habrían de regresar en 1815 con El Pacificador Pablo Morillo, hasta 1821, año en que fueron erradicados definitivamente.

La fachada del Palacio de la Inquisición, de rejas en su parte inferior y balcones en el piso superior son las características de las casa coloniales de la ciudad. La entrada principal es de estilo barroco con molduras mixtilíneas.

Esta edificación es considerada por muchos arquitectos e historiadores como la mejor representante de la arquitectura civil del siglo XVIII en Cartagena. Fue edificada frente a la actual plaza de Bolívar, en los lotes que ocuparon tres casas que el Santo Oficio había arrendado desde 1610 cuando inició sus actividades y que demolió en 1630, una vez las adquirió y decidió construir su sede. Durante el bombardeo realizado por Vernon a la ciudad en 1714, una bomba desmanteló la casa y hubo que derribarla. A raiz de la falta de recursos, el inmueble, que albergaba la sede de los tribunales y servía como cárcel, no pudo ser reconstruida sino hasta 1770, tiempo durante el cual, el tribunal tuvo que funcionar en la casa del inquisidor más antiguo. 

De acuerdo al historiador español Enrique Marco Dorta, la fachada del Palacio de la Inquisición, con sus rejas en la planta baja y los balcones en el piso superior, presenta la fisonomía característica de las casonas coloniales de Cartagena y su portada, en uno de los ejemplos más significativos del Barroco en nuestro territorio: "las pilastras rehundidas que flanquean la puerta sostienen un entablamento, cuyo friso está decorado con estrías verticales, a modo de triglifos, colocados encima de las pilastras y de la clave. El frontón dibuja una amplia y caprichosa curva, cuyo tímpano está ocupado por un escudo rodeado de una moldura mixtilínea, terminada en espirales. Otra moldura mixtilínea encierra todo el conjunto de la portada que, como otro detalle de barroquismo, presenta complicadas molduras en las jambas y arco de la puerta. Sobre las espirales de la moldura anterior hay una venera con una cruz que tiene en el fondo una inscripción que indica la fecha en que se construyó: año 1770".

Sobre esta fachada principal, aún se pueden ver los restos del escudo del Tribunal que fue destruido por los patriotas el 11 de noviembre de 1811, quienes también quemaron todos los archivos.

Al interior, la construcción se organiza alrededor de un patio central rodeado por arcos de medio punto apoyados en pilares ochavados.